Seinäjoen maiseman tärkeitä osia ovat jokivarsien laajat peltoalueet, keidassuoalueet ja ojitetut suometsät. Kyrönjoki ja sen latvajoet levittäytyvät Seinäjoen etelärajalta Seinäjoen keskustan läpi Isonkyrön rajalle saakka. Toinen merkittävä joki on Nurmonjoki, joka laskee Lapuanjokeen. Seinäjoella sijaitsee neljä suurta tekojärveä (Kyrkösjärvi, Kalajärvi, Hirvijärvi ja Varpulan tekojärvi), jotka on tehty tulva-aikojen vesivarastoiksi. Tekojärvillä on myös suuri virkistyskäyttömerkitys.