Seinäjoen vesistöt ovat luonnostaan ruskeavetisiä ja humuspitoisia. Vesistön kuntoa seurataan määrittämällä niiden ekologista ja kemiallista tilaa.

Seinäjoen pintavesien ekologisen tilan on vuonna 2019 todettu olevan voimakkaasti muutettuja ja keinotekoisia. Parhaimmillaan Seinäjoen virtavedet ovat tyydyttävällä tasolla.

Kemiallisen vesientilan viimeisin tieto on vuodelta 2013, jonka mukaan Seinäjoen alueen vedet ovat Seinäjoen ja Kyrönjoen osalta hyvä -tasoa ja Nurmonjoen osalta hyvää huonompaa -tasoa. Tarkempaa tietoa vedenlaadusta löytyy SYKE:n ylläpitämästä vesikartasta

Vedenlaatuun vaikuttavia hajakuormitusta aiheuttavia tekijöitä ovat paikallisesti hulevedet, haja-asutuksen jätevedet, metsätalous, peltoviljely ja turvetuotanto. Pistemäisiä lähteitä ovat lähinnä jätevedenpuhdistamot.

Seinäjoella on vain vähän pohjavesialueita ja ne painottuvat Peräseinäjoelle ja Ylistaroon. Tarkemmat pohjavesialueiden rajaukset löytyvät esimerkiksi paikkatietoikkunasta. Seinäjoen pohjavedet ovat pääosin tilaltaan hyväkuntoisia. Pohjaveden laatutietokarttaa voi tarkastella ymparisto.fi -sivulla

Vesien kunnostus

Tärkeitä vesientilaan vaikuttavia asioita ovat mm. ojitus ja rantojen ruoppaus. Ojituksen ollessa vähäistä suurempaa on hankkeesta tehtävä ilmoitus ELY-keskukselle. Samoin on ilmoitettava koneellisesti tehtävästä ruoppauksesta. Laajemmalle yli 500 kuutiometrin ruoppaukselle on haettava vesilainmukainen lupa Länsi- ja Sisä-Suomen aluehallintovirastolta.

Pienimuotoisia käsin tehtäviä rannan kunnostustoimenpiteitä voi tehdä ilman viranomaislupia. Luvan tarve on syytä varmistaa aina viranomaiselta. Hyvää käytäntöä on myös huomioida muut vaikutusalueella olevat ja tehdä mahdollisimman paljon yhteistyötä.

Myös pienimuotoista ojitusta voi tehdä osapuolien välisellä sopimuksella. Jos molempia hyödyttävää ojitusta ei saada tehtyä erimielisyyden vuoksi, voi kunnan ympäristönsuojeluviranomainen ratkaista erimielisyyden vesilain nojalla. Useamman kuin kahden henkilön/tahon välinen erimielisyys on ratkaistava ojitustoimituksella.

Vesiensuojelu ympäristönsuojelumääräyksissä

Seinäjoen ympäristönsuojelumääräyksissä annetaan vesiensuojelullisia määräyksiä, joissa kielletään esimerkiksi ajoneuvojen, veneiden, koneiden ja vastaavien laitteiden pesu liuotinpesuaineilla. Ilman pesupaikkarakenteita voi omalla maalla pestä, mikäli pesuvedet voidaan imeyttää maaperään niin, että ne eivät aiheuta terveyshaittaa, haittaa naapureille, eikä muutakaan ympäristön pilaantumista.

Mattojen, tekstiilien ja muiden vastaavien pesu on tehtävä niin, etteivät jätevedet pääse suoraan vesistöön.