Seinäjoen perusopetuksella on yhteiset järjestyssäännöt, joiden tarkoituksena on edistää koulujen sisäistä järjestystä, opiskelun esteetöntä sujumista sekä kouluyhteisöjen turvallisuutta ja viihtyisyyttä. Lisäksi jokaisella koululla on suunnitelmat oppilaiden suojaamiseksi väkivallalta, kiusaamiselta ja häirinnältä sekä toiminnasta äkillisissä kriiseissä tai uhka- ja vaaratilanteissa.