Seinäjoen kaupunginjohtaja on Jorma Rasinmäki.

Ylintä päätösvaltaa kaupungissa käyttää  kaupunginvaltuusto jossa on 51 -jäsentä. Kaupunginvaltuusto mm. päättää kaupungin talouden ja rahoituksen perusteista sekä kaupungin hallinnon rakenteesta: lautakunnista, virastoista ja laitoksista. Se myös valitsee luottamushenkilöt ja tärkeimmät viranhaltijat. Kaupunginvaltuusto valitaan kunta vaaleilla neljän vuoden välein.

Kaupungin hallintoa johtaa  kaupunginhallitus, jossa on 13 -jäsentä. Hallituksen tehtävänä on valmistella kaupunginvaltuustossa käsiteltävät asiat ja huolehtia, että valtuuston päätökset toteutetaan. Kaupunginhallitus huolehtii myös kaupungin yleisestä kehittämisestä sekä valvoo viranhaltijoiden toimintaa ja kaupungin taloushallintaa.

Lautakunnat valmistelevat kaupunginhallituksen tai kaupunginvaltuuston käsiteltäväksi kuuluvat asiat ja huolehtivat päätöksen täytäntöönpanosta. Lautakunnan tehtävänä on huolehtia toimialansa kehittämisestä sekä ohjata sen suunnittelua ja toteutusta. Kaupunginvaltuusto valitsee lautakunnat kuntavaalikauden ajaksi neljän (4) vuoden välein.

Kuntien itsehallinto on turvattu Suomen perustuslaissa. Paikallishallinnon peruskiviä ovat edustuksellinen demokratia eli kuntavaalit, asukkaiden ja palvelujen käyttäjien suora vaikuttaminen, verotusoikeus, laissa määrätyt tehtävät sekä joustavuus järjestää oma toimintansa ja hallintonsa.

Konsernipalvelut / hallinto

Hallintopalvelut
hallintojohtaja Jari jokinen

Talouspalvelut
rahoitusjohtaja Mika Itänen

Henkilöstöpalvelut
henkilöstöjohtaja Raija Ranta

Toimialat ja johtava viranhaltija

Elinvoiman ja kilpailukyvyn toimiala
elinvoimajohtaja Erkki Välimäki

Sivistyksen ja hyvinvoinnin toimiala
sivistys- ja hyvinvointijohtaja Heikki Vierula

Kaupunkiympäristön toimiala
kaupunkiympäristöjohtaja Juha Takamaa

Sosiaali- ja terveystoimiala
sosiaali- ja terveysjohtaja Harri Jokiranta