Ensimmäiset maininnat Seinäjoen kylästä ovat 1550-luvun lopulta. 1600- ja 1700-luvuilla Seinäjoella oli maakirjataloja, mutta hallinnollisesti alue kuului Ilmajoen pitäjään.

Vuonna 1798 Abraham Falander perusti Östermyran ruukin, jonka ympärille syntyi teollisuutta ja maataloutta.  Menestyksensä myötä Falander aateloitiin Wasastjernaksi. Hänen poikansa Gustaf Adolf perusti ruutitehtaan.

Östermyran eli Törnävän alueelle muodostuneen teollisen yhteisön myötä Seinäjoki alkoi kehittyä ja muotoutua paikkakunnaksi, josta myöhemmin kehittyi kunta, kauppala ja kaupunki.

Seinäjoen kunta perustettiin vuonna 1868. Vahvan kehityssysäyksen kunnalle antoi 1880-luvulla rautateiden rakentaminen, joka loi edellytyksiä liike-elämälle ja maakunnallisten laitosten, kuten sairaalan, sijoittumiseen paikkakunnalle. Seinäjoen asemanseudusta muodostettiin suppean itsehallinnon taajaväkinen yhdyskunta vuonna 1921, sillä rautatien myötä Seinäjoen asutuksellinen painopiste oli siirtynyt Törnävältä asemanseudulle.

Seinäjoki oli yhtenä kuntana vuoteen 1931, jolloin tehtiin jako Seinäjoen kauppalaksi ja Seinäjoen maalaiskunnaksi. Sodan jälkeen 1940-luvun lopulla ja 1950-luvulla muuttohalukkuus kauppalaan kasvoi ja liikenneyhteyksien parantuessa myös talouselämä monipuolistui.

Vuonna 1959 maalaiskunta ja kauppala muuttuivat yhdeksi kunnaksi, Seinäjoen kauppalaksi. Taajaman pinta-ala oli silloin 10 km2, kun ympäröivä maaseutu puolestaan oli 11-kertainen. Seuraavana vuonna 1960 Seinäjoki sai kaupunkioikeudet. Seinäjoen kaupunki kehittyi nopeasti koko suomenkielisen Etelä-Pohjanmaan kaupan ja palveluiden keskuksena.

Seinäjoen kuntarajat muuttuivat vuonna 2005, kun Seinäjoki ja Peräseinäjoki yhdistyivät uudeksi Seinäjoen kaupungiksi. Samalla myös Seinäjoen ja Peräseinäjoen välissä sijaitsevat, Ilmajokeen kuuluneet Lehtimäenkylä, Honkakylä ja Ojajärvenkylä liitettiin uuteen kaupunkiin. Seuraava kuntaliitos oli vuorossa jo neljän vuoden kuluttua 1.1.2009, jolloin Nurmon ja Ylistaron kunnat sekä Seinäjoen kaupunki liittyivät yhteen. Muodostuneessa kaupungissa oli tuolloin noin 56 000 asukasta.

Seinäjoen kaupungin asema keskisuurena suomalaiskaupunkina ja maakuntakeskuksena on vahva. Kaupungin voimakas kasvu ja panostus koulutukseen ja kehittämiseen on avannut uusia mahdollisuuksia koko maakunnalle.