Byn Seinäjoki nämns för första gången i slutet av 1550-talet. På 1600- och 1700-talen fanns det jordregistershemman i Seinäjoki, men administrativt tillhörde området Ilmola socken. 1798 grundades Östermyra bruk och runtomkring uppkom industri och jordbruk. Till följd av detta industriella samfund började Seinäjoki utvecklas och gestalta sig till en ort som senare blev kommun, köping och stad.

Seinäjoki kommun grundades 1868. Stationsområdet i Seinäjoki fick ställning som ett samfund med begränsat självstyre. Bebyggelsens tyngdpunkt flyttades från Östermyra (i dag Törnävä) mot stationsområdet. En utlösande faktor till kommunens utveckling var byggandet av en järnväg på 1880-talet, vilket skapade förutsättningar för affärsliv och ledde till att landskapets anstalter, såsom sjukhuset, placerades på orten.

Seinäjoki kommun blev uppdelad i köping och landskommun 1931, vilket utvidgade stationsområdet. Efter kriget i slutet av 1940-talet och på 1950-talet ökade inflyttningen till Seinäjoki, och tack vare förbättringarna i trafikförbindelserna blev det ekonomiska livet mångsidigare. 1959 förenades landskommunen och köpingen till en kommun, Seinäjoki köping. Tätortens areal omfattade då 10 km2, medan den omgivande landsbygdens areal var elvafaldig. Följande år, 1960, fick Seinäjoki stadsprivilegier. Efter det har folkmängden i staden snabbt mångdubblats och servicen har blivit mångsidigare.

Staden utvidgades 2005 när staden Seinäjoki och kommunen Peräseinäjoki förenades. På samma gång inkorporerades byarna Lehtimäki, Honkakylä och Ojajärvi med staden. Den 1 januari 2009 ägde nästa sammanslagning rum när kommunerna Nurmo och Ylistaro inkorporerades med staden Seinäjoki. På så sätt uppstod den nya staden Seinäjoki med över 56000 invånare.

Seinäjokis ställning som medelstor finsk stad och som landskapscentrum är stark. Tunga investeringar i utbildning och framtida utveckling har öppnat nya möjligheter för hela landskapet.